Sul successore di S. Pietro al Santuario di Nostra Signora di Licheń era atteso da una folla di fedeli. Papa Giovanni Paolo II ha incontrato i fedeli il 7 giugno 1999, durante una funzione connessa alla consacrazione del tempio in onore della Beata Vergine Maria, in quel momento in costruzione.
Papa Giovanni Paolo II è venuto a Licheń il 6 giugno 1999, al tramonto. Lunedì 7 giugno alle Alle 5 del mattino, il quadro miracoloso della Madonna di Licheń è stato spostato su un altare provvisorio di fronte alla chiesa in costruzione. In giro Alle ore 8.00 il Santo Padre si è recato alla basilica, l'ha visitata, e poi ha celebrato la funzione, durante la quale ha benedetto la chiesa in costruzione ei pellegrini radunati in piazza. Dopo la cerimonia, è volato a Bydgoszcz e Toruń, per tornare a Licheń per la notte.
L'ultimo giorno del suo soggiorno, poco prima della partenza, il Santo Padre si è recato nella Cappella, dove ha pregato a lungo davanti al Quadro della Madonna del Lichene, trasferito negli appartamenti papali la sera del il giorno precedente. Dopo aver scattato una foto con i sacerdoti e i fratelli mariani, il successore di San Pietro è volato a Ełk, lasciando momenti indimenticabili.
NS. Mons. Bronisław Dembowski, che ha visitato più volte Roma, ha invitato il Santo Padre Giovanni Paolo II a visitare Lichen a nome dei Padri Mariani.
Durante una delle visite del vescovo Dembowski a Roma, avvenuta nel 1998, il vescovo parlò a papa Giovanni Paolo II della costruzione di un nuovo tempio. Il Santo Padre, dopo aver ascoltato il racconto, ha detto: "Vorrei vederlo". Pertanto, il vescovo ha immediatamente rinnovato l'invito, tanto più che la visita del Santo Padre in Polonia era prevista per il 1999.
Come si è scoperto in seguito, l'invito è stato accettato. Quando i sacerdoti mariani lo vennero a sapere, iniziarono subito a predisporre le formalità relative alla costruzione della casa in cui il Papa avrebbe alloggiato durante il suo soggiorno a Licheń. Grazie alla gentilezza delle autorità locali e delle istituzioni preposte, le formalità sono state rapidamente espletate e nel luglio 1998 possono iniziare i lavori. All'inizio, i Padri Mariani furono informati che il Papa non poteva salire un solo gradino da solo, quindi fu installato un ascensore nella casa papale. Per motivi di sicurezza, alle finestre degli appartamenti sono stati installati dei vetri antiproiettile. I lavori sono stati finalmente completati nel maggio 1999.
Buoni preparativi
In quel momento iniziarono altri preparativi per la cerimonia relativa all'arrivo del Papa polacco. È stata costituita un'apposita commissione, composta da rappresentanti dei sacerdoti mariani, degli enti locali e dei servizi responsabili dei singoli elementi organizzativi (polizia, BOR, vigili del fuoco, Sanepid, servizio sanitario ed energia). Padre Wiktor Gumienny, MIC, ha sempre sottolineato il grande impegno di tutte le persone responsabili di compiti particolari.
Due notti a Licheń
Nella prima metà di gennaio 1999, una commissione vaticana si è recata a Licheń per verificare lo stato di avanzamento dei lavori preparatori. I singoli compiti sono stati eseguiti secondo il programma e sono stati accolti molto bene dalla commissione. A fine gennaio 1999 è stato annunciato il programma ufficiale della visita del Santo Padre. Fu allora che i Padri Mariani furono sorpresi e allo stesso tempo con grande gioia nell'apprendere che il Santo Padre avrebbe trascorso due notti a Licheń. E la sorpresa è stata così grande che erano sempre convinti che il Papa avrebbe dormito solo una notte a Licheń.
Incontro con i pellegrini
Per la visita di Papa Giovanni Paolo II erano attesi circa 200.000 pellegrini. Per loro sono stati preparati settori adeguati. La maggior parte di questi settori si trovava davanti alla basilica, ma ce n'erano anche alcuni che si trovavano sul lato opposto di essa. Per consentire ai pellegrini di vivere al meglio l'incontro con il Papa, nell'area del Santuario sono stati installati due maxischermi. Uno di essi fu collocato dietro la basilica, e l'altro nel luogo dove attualmente sorge il nuovo campanile.
Appositamente per l'arrivo del Papa è stato predisposto un parcheggio nei pressi della basilica (sul lato orientale), che fungeva da aeroporto per tutta la durata della visita. È stato atterrato dagli elicotteri con cui Giovanni Paolo II ei suoi compagni sono giunti a Lichen.