Musée de Fr. Józef Jarzębowski est situé dans la partie arrière de la basilique. La collection du musée comprend, entre autres Estampes anciennes polonaises et étrangères du XVIe au XVIIIe siècle, lettres royales et autographes, manuscrits d'écrivains polonais de l'époque du romantisme, du positivisme et de la Jeune Pologne. Une place importante dans la collection du musée est occupée par l'une des plus grandes collections de Pologne concernant le soulèvement de janvier. Deux collections d'armes blanches - européennes et orientales, une collection de peintures à l'huile de maîtres européens des XVIIe et XVIIIe siècles, des documents royaux, des souvenirs de prisonniers des camps de travail soviétiques et des camps nazis sont particulièrement précieux.

Musée de Fr. Józef Jarzębowski a commencé son activité le 2 juillet 2010. Il est situé sur deux étages dans la partie nord de la basilique. Le musée est divisé thématiquement. Un étage est occupé par des expositions consacrées à l'histoire de la Pologne, et l'autre est un trésor de livres anciens, une salle d'art sacré, ainsi qu'une galerie de graphiques et de dessins.

Musée de Józef Jarzębowski à Licheń est une continuation du Musée de la Congrégation des Pères Mariaux de Bielany à Varsovie, fondé en 1925, transféré après la Seconde Guerre mondiale à Fawley Court en Grande-Bretagne, où il a fonctionné de 1953 à 2006.