Museo de P. Józef Jarzębowski se encuentra en la parte trasera de la basílica. La colección del museo incluye, entre otros Grabados antiguos polacos y extranjeros de los siglos XVI al XVIII, cartas reales y autógrafos, manuscritos de escritores polacos de la época del romanticismo, el positivismo y la joven Polonia. Un lugar importante en la colección del museo lo ocupa una de las mayores colecciones de Polonia sobre el Levantamiento de enero. Dos colecciones de armas blancas: europeas y orientales, una colección de pinturas al óleo de maestros europeos de los siglos XVII y XVIII, documentos reales, recuerdos de prisioneros de campos de trabajo soviéticos y campos nazis son especialmente valiosos.

Museo de P. Józef Jarzębowski inició su actividad el 2 de julio de 2010. Se ubica en dos plantas en la parte norte de la basílica. El museo está dividido temáticamente. Un piso está ocupado por exhibiciones dedicadas a la historia de Polonia, y el otro es un tesoro de libros antiguos, una sala de arte sacro, así como una galería de gráficos y dibujos.

Museo de Józef Jarzębowski en Licheń es una continuación del Museo de la Congregación de Padres Marianos en Bielany en Varsovia, fundado en 1925, transferido después de la Segunda Guerra Mundial a Fawley Court en Gran Bretaña, donde operó desde 1953 hasta 2006.