San Juan Pablo II llegó en helicóptero el 6 de junio de 1999, por la tarde alrededor de 21.00. Al día siguiente, voló a Bydgoszcz y Toruń, y por la tarde regresó a Licheń para pasar la noche. Se construyó una casa papal especialmente para su visita. El nuevo edificio estaba conectado con la casa religiosa existente. Los apartamentos a disposición del Santo Padre tienen una superficie de 57,7 m²  y consta de cinco habitaciones: comedor, capilla, sala, dormitorio y baño. Las habitaciones restantes estaban destinadas a personas del círculo cercano del Santo Padre.

En la primera sala (comedor) ahora hay una biblioteca y hay recuerdos asociados con el Papa, a saber: libros escritos por el Santo Padre, la estola que usó durante el servicio en Licheń, un tocado papal con su propia firma, y un cáliz, patena y rosario (actualmente estos tres recuerdos se encuentran en la basílica inferior, en la capilla de San Juan Pablo II). También hay medallas conmemorativas, billetes, monedas, sellos y estampillas postales, fotografías.

El corazón de los aposentos papales es sin duda la capilla. Fue aquí donde la noche del 7 de junio se trajo un cuadro milagroso de Nuestra Señora del Liquen para que el Santo Padre pudiera rezar ante ella. Actualmente, hay una copia de la imagen del liquen allí. En el centro de la capilla hay un reclinatorio de madera de abedul blanco, decorado con el escudo papal. Junto a ella hay una pequeña capilla de madera. Durante la visita del Santo Padre, se colocó en él un sagrario con el Santísimo Sacramento. Las Estaciones de la Cruz están colgadas en las paredes, pintadas sobre vidrio al estilo montañés.

W salonie znajdują się m.in. kanapa, dwa fotele, ława, biurko z krzesłem i szafki. Meble wykonane są z ciemnego, litego drewna dębowego, bez użycia gwoździ. Są darem od firmy „Ludwik Styl” z Rogoźna Wielkopolskiego. Na masywnym biurku stoi zdjęcie małego Karolka z mamą.

El dormitorio tiene cama, armario y cómoda. Hay una cruz de roble encima de la cama. Hay dos fotos en la cómoda: una muestra a Karol Wojtyła el día de la Primera Comunión y la otra, un joven sacerdote Wojtyła afeitándose en un campamento de verano con jóvenes. Sobre la cómoda cuelgan tres fotos de montañas, tan apreciadas por St. Juan Pablo II.

Le animamos a recomendar sus intenciones al Santo Papa durante el recorrido.