Museum von Fr. Józef Jarzębowski befindet sich im hinteren Teil der Basilika. Die Sammlung des Museums umfasst unter anderem Polnische und ausländische Altdrucke des 16. bis 18. Jahrhunderts, königliche Briefe und Autographen, Manuskripte polnischer Schriftsteller aus der Zeit der Romantik, des Positivismus und des jungen Polen. Einen wichtigen Platz in der Museumssammlung nimmt eine der größten Sammlungen in Polen zum Januaraufstand ein. Besonders wertvoll sind zwei Sammlungen weißer Waffen - europäische und östliche, eine Sammlung von Ölgemälden europäischer Meister des 17. und 18. Jahrhunderts, königliche Dokumente, Erinnerungsstücke von Häftlingen aus sowjetischen Arbeitslagern und Nazi-Lagern.

Museum von Fr. Józef Jarzębowski hat seine Tätigkeit am 2. Juli 2010 aufgenommen. Es befindet sich auf zwei Etagen im nördlichen Teil der Basilika. Das Museum ist thematisch gegliedert. Eine Etage wird von Exponaten zur Geschichte Polens eingenommen, die andere ist eine Schatzkammer alter Bücher, ein Raum für sakrale Kunst sowie eine Galerie mit Grafiken und Zeichnungen.

Museum von Józef Jarzębowski in Licheń ist eine Fortsetzung des 1925 gegründeten Museums der Kongregation der Marienväter in Bielany in Warschau, das nach dem Zweiten Weltkrieg nach Fawley Court in Großbritannien verlegt wurde, wo es von 1953 bis 2006 betrieben wurde.